Verschillende overheden en organisaties werken samen aan projecten om de natuur in het Markermeer-IJmeer te versterken.
Oostvaardersoevers
Het Markermeer, de Oostvaardersplassen en de Lepelaarplassen zijn drie bijzondere Natura 2000-gebieden in het hart van Nederland. Ze zijn van cruciaal belang voor grote aantallen vogels en vissen die hier permanent leven of er een tussenstop maken op hun trekroutes. De gebieden zijn van elkaar gescheiden door de Oostvaardersdijk. Het verbinden van het Markermeer met de Oostvaardersplassen en de Lepelaarplassen zorgt er voor dat water, voedingsstoffen en vissen van het ene naar het andere gebied kunnen. Door een geleidelijke overgang van diep water naar ondiep water ontstaat meer dynamiek en variatie. Er ontstaat een groter aaneengesloten natuurgebied dat beter toekomstige ontwikkelingen kan opvangen. Rijkswaterstaat en provincie Flevoland werken samen met regionale partners aan het project Oostvaardersoevers. Lees meer over Oostvaardersoevers.
Marker Wadden
Marker Wadden zorgt voor natuurherstel van het Markermeer door de aanleg van eilanden met zand, klei en slib uit het Markermeer. In het voorjaar van 2016 is gestart met de aanleg van het 1e eiland en in september 2018 is dat eiland geopend voor publiek. Alle 5 eilanden van de eerste fase zijn zichtbaar. Meer informatie over het project is te vinden op de website Marker Wadden.
Natuurthermometer
De natuurthermometer geeft inzicht in hoe de natuur zich ontwikkelt in het gebied. Hiermee krijgen beleidsmedewerkers, bestuurders, vergunningverleners en andere geïnteresseerden op een laagdrempelige manier informatie over de ecologische toestand van het Markermeer-IJmeer. Hieruit kan worden afgeleid of er al dan niet een natuuropgave is of dat er ruimte is voor (economische) ontwikkelingen. De Natuurthermometer is opgebouwd uit deelthermometers die de huidige toestand weergeven van Natura 2000, Kaderrichtlijn Water (KRW) en systeemcondities Toekomstbestendig Ecologisch Systeem (TBES). De Natuurthermometers met de stand van 2017 en de stand van 2014 zijn te downloaden.
Trintelzand
Bij de versterking van de Houtribdijk, tussen Enkhuizen en Lelystad, zijn ook maatregelen genomen om de natuur in het Markermeer te versterken. Een maatregel is het aanleggen van het natuurgebied Trintelzand. Dit gebeurt in 2 delen. Het eerste deel is gerealiseerd en bestaat uit een moerasgebied wat gemaakt is van slib. Het tweede deel is een alternatief voor het leefgebied dat in eerdere plannen gerealiseerd zou worden in de Hoornse Hop. Deze uitbreiding van Trintelzand met 155 ha krijgt een ander karakter en bestaat voornamelijk uit zandplaten. Deze zandplaten kunnen en mogen door wind en stroming veranderen. Dankzij stenen dammetjes blijven ze wel binnen de contouren van Trintelzand. Zo ontstaat een landschap met oevers waar planten kunnen groeien. Ook kunnen hier vissen komen om te paaien. Watervogels, zoals de visdief en kuifeend, kunnen terecht om te rusten en om voedsel te zoeken en te vinden. Trintelzand is onderdeel van het landelijke Hoogwaterbeschermingsprogramma, en versterkt ook de natuur in het Nationaal Park Nieuw Land.