Het programma Markermeer-IJmeer heeft relaties met meerdere programma's die bijdragen aan het versterken van de natuur in het gebied.
Gebiedsagenda IJsselmeergebied
Het IJsselmeergebied is het grootste aaneengesloten zoetwatergebied van West-Europa. Het biedt Nederland een strategische zoetwaterbuffer voor drinkwater, landbouw en natuur. In dit gebied komen veel ambities, opgaven en investeringsprojecten van Rijk en regio samen. Het Rijk heeft samen met partners in de regio, zoals andere overheden, belangenorganisaties, burgers, kennisinstellingen en het bedrijfsleven, de Gebiedsagenda 2050 voor het IJsselmeergebied opgesteld.
Nationaal Park Nieuw Land
Een door de mens en natuur gemaakt gebied waar de nadruk ligt op de verbinding tussen stad en natuur. De Oostvaardersplassen, Lepelaarplassen, Marker Wadden en een deel van het Markermeer vormen de basis van Nationaal Park Nieuw Land. Zij vertellen het verhaal van de voormalige Zuiderzee, de IJsselmeerpolders en de ontstaansgeschiedenis van de natuur in Flevoland. Op weinig plekken ter wereld wonen zoveel mensen zo dicht bij een nationaal park. Een unieke kans om stad en robuuste natuur met elkaar te verbinden. Het Nationaal Park is een locatie waar natuurwaarden en cultuurhistorie elkaar versterken en positief kunnen beïnvloeden. Een geweldige belevenis voor elke bezoeker. Nationaal Park Nieuw Land is een samenwerking tussen provincie Flevoland, Staatsbosbeheer, Natuurmonumenten, het Flevo-landschap, gemeenten Almere en Lelystad, Rijkswaterstaat en waterschap Zuiderzeeland.